Ob die Vorsteuer aus Eingangsleistungen abzugsfähig ist, hängt davon ab, ob die Leistung für zum Vorsteuerabzug berechtigende Umsätze verwendet wird. Von einer gemischten Nutzung wird immer dann gesprochen, wenn die Leistung sowohl für solche Umsätze verwendet wird, die den Vorsteuerabzug ausschließen, als auch für solche, die den Vorsteuerabzug erlauben. Bei gemischt genutzten Grundstücken ist eine Aufteilung der nicht direkt zuordenbaren Vorsteuerbeträge vorzunehmen. Dabei soll die Aufteilung nach einem sachgerechten Schlüssel erfolgen. Im ersten Schritt ist zu unterscheiden, ob es sich um Anschaffungs- oder Herstellungskosten handelt oder ob die Leistung der Nutzung, Erhaltung und Unterhaltung des Grundstücks dient.

Eingangsleistungen, die der Nutzung, Erhaltung und Unterhaltung dienen (z. B. Instandsetzung), sind vorrangig einem Gebäudeteil zuzuordnen. Erst wenn diese direkte Zuordnung nicht möglich ist, erfolgt die Aufteilung der Vorsteuerbeträge („Zuordnung vor Aufteilung“). Bei Anschaffungs- und Herstellungskosten gilt hingegen die sog. „Eintopf-Theorie“, sodass eine direkte Zuordnung unterbleibt und die Aufteilung der Vorsteuerbeträge auf Basis des gewählten Aufteilungsschlüssels erfolgt.

Als Aufteilungsschlüssel kommt grundsätzlich ein objektbezogener Flächenschlüssel in Betracht. Ein objektbezogener Umsatzschlüssel kommt hingegen nur nachrangig in Betracht. Dieser findet Anwendung, wenn es insbesondere erhebliche Unterschiede in der Ausstattung der Räumlichkeiten gibt (dies wird in praxi häufig zu bejahen sein; als Beispiel: Differenzierung luxuriös ausgebaute versus schlicht ausgebaute Räume).

Ein unternehmenseinheitlicher Gesamtumsatzschlüssel soll nur noch in Ausnahmefällen Anwendung finden, etwa wenn ein Verwaltungsgebäude sowohl Wohn- als auch Gewerbeimmobilien des gesamten Unternehmens verwaltet. Neben den aufgeführten Aufteilungsschlüsseln sollen auch andere Aufteilungsmaßstäbe in Betracht kommen, etwa die Aufteilung der Vorsteuerbeträge nach dem umbauten Raum oder eine Aufteilung nach Nutzungszeiten (z. B. nach Nutzungszeiten bei einer Schulsporthalle).

Der Unternehmer kann wählen, welchen Aufteilungsmaßstab er verwendet, wenn mehrere Aufteilungsmaßstäbe präziser sind als der vorrangig anzuwendende objektbezogene Flächenschlüssel. Das BMF-Schreiben ist in allen offenen Fällen anzuwenden.